Kościół św. app Szymona i Judy Tadeusza
Akt fundacyjny kościółka w Skawinie pochodzi z dnia 19 listopada 1364 roku. Nowo powstały kościół został obdarzony trzema wezwaniami: Ducha Świętego, Maryi Dziewicy oraz świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza. Fundacja parafii i kościoła miała miejsce sześć miesięcy po nadaniu prawa magdeburskiego miastu. Trudno jednak stwierdzić, czy wcześniej na tym terenie istniał już jakiś kościół bądź kaplica dla kultu religijnego, jak próbują sugerować niektórzy badacze. Nie można z pewnością tego wykluczyć, mając na uwadze, iż tereny te były już wcześniej zaludnione, na co wskazują liczne źródła. Istniało tu również zorganizowane lokalne życie społeczne i gospodarcze. Nie bez znaczenia było zapewne i to, ze te tereny – jako własność klasztoru – były pod opieka opactwa tynieckiego. Przez wieki swego istnienia kościół nosił aż trzy wezwania: Ducha Świętego, Maryi Dziewicy oraz świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza, z których do dziś przetrwało tylko to ostatnie. Z najdawniejszych czasów pozostały jedynie dwa gotyckie czternastowieczne ostrołukowe portale. Jeden z nich prowadzi z prezbiterium do zakrystii, drugi zaś został przeniesiony i wmurowany w południową ścianę. Zdobią go równie stare, kute w żelazie drzwi oraz barokowa chrzcielnica. W południowej części nawy głównej znajduje się pochodząca z I połowy XVIII w. podziemna krypta grobowa wybudowana dla miejscowych proboszczów oraz dobrodziejów kościoła parafialnego. W 1968 roku podczas wykonywania nowej polichromii świątyni odkryto w łuku tęczy pomiędzy nawą główna a prezbiterium zabytkową polichromię. Można powiedzieć, iż jest to niewiele, należy jednak pamiętać, że kościół, podobnie jak i całe miasto, podlegał nader zmiennym kolejom losu. Pierwszy pożar, który mocno go uszkodził, miał miejsce w 1704 roku, jednak drugi w roku 1815 zniszczył go w dużym stopniu, dlatego w roku 1826 świątynia została odbudowana i konsekrowana. Obecnie kościół to trzynawowa budowla, z oszkarpowanym prezbiterium, nakrytym pięknym, zwierciadlanym sklepieniem. Ołtarz główny i dwa ołtarze boczne w nawie głównej datowane są na I połowę XIX wieku, zaś pozostałe trzy ołtarze boczne to lata 60.
XX w.

Kościół pw. Ofiarowania NMP
(dawny poszpitalny pw. św. Walentego), zwany "małym kościółkiem" Niewielki kościół pw. św. Walentego powstał jako kościół przyszpitalny. Szpitalny przytułek dla ubogich został ufundowany przez opata klasztoru tynieckiego w 1471r. Uposażył on szpital posiadłością opacką, położoną poza murami miasta, na tzw. Przedmieściu Wschodnim. W wizytacji z 1595 roku istnieje znamienna wzmianka o powstałej przy szpitalu kaplicy pod wezwaniem św. Walentego, patrona ludzi chorych na epilepsję. Kaplica ta została wzniesiona niedługo przed 1595 rokiem. Wewnątrz posiadała 3 ołtarze kamienne, lecz — podobnie jak kaplica Św. Krzyża — poza tym nie była w żaden inny sposób wyposażona. Niestety, około 1611 roku kaplica spłonęła i konieczna była jej całkowita odbudowa. Fundatorami nowej kaplicy byli: prepozyt szpitalny ks. Krzysztof Muczudka oraz szlachcic Jananowski. Nowa kaplica otrzymała dodatkowo drugiego patrona, a mianowicie Najświętszą Maryję Dziewicę. Jej wyposażenie w porównaniu do pierwotnej kaplicy uległo powiększeniu, gdyż posiadała już 4 ołtarze, z których główny oraz pw. św. Jana Chrzciciela, znajdujący się przy Ewangelii — były konsekrowane. Dodatkowo kaplica posiadała na swoje utrzymanie pole z uprzedniej fundacji ks. Dudułki oraz drobny sprzęt liturgiczny. Promotorem kolejnej restauracji był pochodzący ze Skawiny ks. Sebastian Piskorski, przy którego udziale powstawał właśnie — znany wszystkim - kościół św. Anny w Krakowie. Od tej pory, tj. od roku 1704, kaplica nosi wezwanie św. Walentego i Ofiarowania Najświętszej Maryi Panny. Ale nie jest to ostatnia zmiana jej patronów, gdyż w roku 1729 dochodzi trzecie: Matki Bożej Śnieżnej. Z tego samego roku pochodzi wzmianka o istniejącym przy niej cmentarzu. Szpitalny przytułek szybko zubożał. Aby zapobiec jego upadkowi, w 1571 roku opat Hieronim Krzyżanowski wznowił fundację swego poprzednika — opata Macieja Skawinki. Dzięki temu szpital przetrwał, aż do końca XIX w. W 1899 roku przebywało w nim jeszcze 14 ubogich ludzi. Aktualnie kościółek jest filią kościoła parafialnego. Jest to niewielka, jednonawowa, oszkarpowana budowla. Najcenniejszym zabytkiem jest tu pochodzący z 1640 roku obraz Ukrzyżowanie, umieszczony w barokowym, XVIII-wiecznym ołtarzu głównym. Ściany kościoła pokrywa wykonana przez Mieczysława Wieczorka w 1989 polichromia. Wśród malowideł znalazły się też portrety świętych i błogosławionych współcześnie wyniesionych na ołtarze: św. Maksymiliana Kolbego, bł. Karoliny Kózkówny, bł. bpa Sebastiana Pelczara, bł. Anieli Salawy, Sł. Bożego kard. Stefana Wyszyńskiego.

Kościół Miłosierdzia Bożego
Kościół pw. Miłosierdzia Bożego, murowany, wybudowany w latach 1982-1995. Ośrodek duszpasterski utworzono w 1979 roku. Okręg terytorialny wydzielono z parafii Świętych Apostołów Szymona i Judy Tadeusza w Skawinie. Znajduje się on przy ulicy Marii Curie Skłodowskiej 12. Pierwszym administratorem, a później proboszczem został ks. Marian Podgórny. Obecnie proboszczem tej parafi jest ks. Włodzimierz Łukowicz.